宋代理學是在繼承和改造兩漢經學與魏晉玄學的基礎上建立起來的，它以「天理說」取代了漢代的「天神說」，以「理氣說」取代了魏晉的「貴無論」。它又攝取佛道的思維方式與修養方法，使自己既具有政治上的優勢，又具有足以與佛道抗衡的理論優勢。

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理學的神學色彩首先表現在把忠孝與五常拔到「天理」的高度，給神權披上理性的外衣。「天理」至善至美、神聖不可侵犯，存「天理」必須滅「人欲」，以此扼殺人們身上違背封建道德的感情欲求。理學家還宣揚超歷史的道統說，尤其神話孔子，有「天不生仲尼，萬古長如夜」的頌言。朱把偽《古文尚書》中「人心惟危，道心惟危，惟精惟一，允執厥中」十六字，奉為孔門傳授心法，使之成為類似神啟的宗教教義。

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其次是直接吸收佛道學。理學開創者周敦頤，其《太極圖‧太易說》出自道教，其《愛蓮說》由《華嚴經探玄記》脫胎而出。北宋五子之一邵雍，其學可上溯到道士陳摶的《先天圖》。理學代表人物程顥、程頤讚美佛學「極盡乎高深」(《河南程氏遺書》卷十五)。又說：「灑掃應對，便是形而上者，理無大小故也」(《河南程氏遺書》卷十三)，近似禪宗。又說「事理一致，微顯一源」(《河南程氏遺書》卷二十五)，類似華嚴。程顥曾雲：「雖堯舜事業，亦只如太虛空中一點浮雲過目」(《宋元學案‧明道學案》上)。程頤肯定華嚴宗圓融無礙的說法，並歸納為「萬理歸於一理」的命題(《河南程氏遺書》卷十八)。宋代理學最大代表者朱熹對《陰符經》、《周易參同契》均有精心研究，並稱讚佛教說：「佛教最有精微動得人處。」《朱子語類》卷十三)，又說：「今之不為禪學者，只是未曾到那深處，才到深處，定走入禪去也。」(《朱子語類》卷六)朱熹的「理一分殊」之說，無疑受華嚴宗的啟發，他說：「然雖各自有一個理，卻又同出於一個理。」「釋氏雲『一月普現一切水，一切水月一月攝』這是那釋氏也窺見得這些道理。」(《朱子語類》卷十八)宋代心學大儒陸九淵蔑視儒經文字，聲稱「六經皆我注腳」。他反對朱熹「格物致知」的修養方法，斥為「支離事業」，主張直指本心，明心見性的簡易功夫，頗有禪宗的風度，故世人稱「陸學即禪學」。