自然科學和唯物主義哲學從其誕生之日起就是作為宗教神跡說的對立物出現於世的。他們反對用超自然的神和神的超自然作用，而用物質本原的組合和作用來說明一切自然現象。早在古代希臘和古代中國的自然主義哲學中，即已達到這樣的認識：整個世界是各種物質元素互相作用而形成的因果系列，一切自然現象都有自然原因，都為先在的物質原因所決定而必然發生。按照最重要的自然主義哲學家德謨克裏特的說法：「一切都遵照必然性而發生」。在他看來，偶然性(包括神跡事件)只是人們對事件產生的必然原因無知而產生的主觀觀念，是一種為了掩蓋自己的輕率而進行的捏造。這就從根本上排除了神對自然的干預，排除了作為破壞自然必然性而產生的神跡事件存在的可能性。自然主義哲學關於因果必然性的原理，後來一直成了自然科學和哲學反對神跡說的理論基礎。甚至像古羅馬西塞羅這樣的哲學家，儘管一方面相信「神恩」、「天道」和靈魂不死，另一方面也根據因果法則而否定神跡。他認為任何事物都有其原因，沒有原因便沒有事物的發生。如果一個事物在事實上發生了，他就是原因的結果，而不是一個神跡。因此，神跡不存在。當然，西塞羅對他的結論作了限制，認為神跡故事對培養無知民眾的宗教虔誠是必要之舉。

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文藝復興以後，隨著新興實驗科學和機械自然主義哲學的發展，人們普遍相信，一切自然現象都是按照自然規律而必然產生，一切自然的奧秘都有其自然的原因，而無須借助於超自然的神力。神跡信仰被當作反科學、反理性的蒙昧主義而受到嚴厲的批判。

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斯賓諾莎的泛神論認為神即自然，天命就是自然律。萬物作為實體(神)的樣式是為自然律的必然性所決定的，自然物的這種合乎規律的互相決定，使整個自然界表現出有秩序有條理的合理性。在自然體系中，一切反乎自然必然性的奇跡事件都不可能產生。他的結論是：「……所以違反自然的普遍法則的自然界任何事物也就必然違反神命、神性與神的智力，也就是，若是有人說上帝之所施為是違反自然的法則的，他事實上就不得不說上帝之所為違反了上帝自己的性質──這顯然是荒謬的。」宗教神學所謂神創奇跡之說，違反了神的本性，不屬於自然的本真，而只能被視為與個人的主觀意見有關。具體地說，宗教聖書中和普通迷信中所謂的神跡，或者是講述者對這些事件之自然原因的無知，或者是由於他們在有意進行欺騙。斯賓諾莎呼籲把《聖經》中一切違反自然規律的神跡故事「棄絕擯斥」：

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若是《聖經》中以明確的話敍述某事，確與自然界的規律相違反，或不能由自然界的規律推知的，我們必信其為無宗教心的人蒙混插入到聖書裏面的。因為凡與自然相背的也就與理智相背，凡與理智相背的就是荒謬的，事實上是要加以棄絕擯斥的。

十七─十八世紀的自然神論與斯賓諾莎的泛神論，在神跡問題上的觀點大同小異。他們認為上帝不僅是按理性原則來創造世界和安排自然秩序的，而且在創世之後就聽任自然界按照預定的規律和秩序運轉而不干預其自然進程。這也排除了反自然的神跡事件。

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十八世紀法國百科全書派從根本上否定神的存在，完全把自然視為一個按照自己的規律而運動的體系。自然界的一切都永遠遵循不變的法則。在此基礎上，拋棄了泛神論和自然神論的一切掩人耳目的神學外衣，對神跡說作了徹底的無神論的否定：

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這樣一來，那麼在自然中就既不能有怪物，也不能有神奇、奧妙和奇跡。我們所謂怪物，就是為我們眼睛所不熟悉的一些配合，而它們並不因此就不是什麼必然的結果。我們所謂的神奇、奧妙、超自然的結果，乃是自然的一些現象，不過我們絲毫不認識它們的根源和活動的方式罷了，而且又因為缺乏對於真實原因的認識，我們遂荒謬地把這些現象歸之於一些虛構的原因。這些原因，同秩序的觀念一樣，是只存在於我們內心之中的，可是我們卻把它們放在自然之外，放在在它之外任何什麼東西都不能存在的那個自然之外。

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至於說到人們所稱的奇跡，就是說，有違于自然的不變法則的那些結果，我們覺得像這樣的事情是不可能的。

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總上所述，從古代希臘以德謨克裏特為代表的原子唯物論到近代唯物論(斯賓諾莎、霍爾巴赫等)，都是根據自然進程的規律性和因果必然性去否定宗教的神跡說。在哲學上，人們常把這種唯物主義原理稱之為「機械決定論」，對它的哲學意義不無微詞，認為它沒有正確全面地處理必然性與偶然性的關係。關於這一點，本書不擬從哲學的角度詳加評論，只想從宗教學的角度評價它對神跡說的批判。我們認為，唯物主義的決定論對神跡說是健全有力，無懈可擊的。只有從決定論的立場，堅持自然法則的不變性和因果關係的必然性，才能從根本上否定宗教神跡說，除此以外，別無他途。決定論是自然科學的哲學表現，它的基本內容是完全合乎科學的。正是由於唯物主義決定論對神跡說的否定，又反過來推動了自然科學在各個自然領域排除了神的干預和神對自然必然性的違反，堅持探尋一切自然奧秘的自然原因，使唯物主義和無神論在許多領域都獲得了清除神跡信仰的偉大勝利。