文藝復興以來的近代科學和哲學一致強調理性的尊嚴，或者要求把宗教建立在理性基礎之上，或者把宗教信仰視為反理性的迷信而予以否定。這種理性主義表現為各種形式的反對信仰主義和蒙昧主義的啟蒙思潮和公開的無神論。宗教信仰主義的反理性實質，主要就表現在對宗教神跡的信仰上。在理性啟蒙主義看來，一切神跡，因其違反自然法則，都不能得到科學和理性的證明，因而都是荒謬的，相信荒謬的神跡，乃是愚昧無知的表現。

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當然，我們也應當注意到，在反對宗教神跡說堅持在理性基礎上建立信仰的思潮中，也有不徹底的表現。主要有兩種：一是「雙重真理說」，一是「超理性論」。

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雙重真理說把哲學的真理視為「理性的真理」，但卻把宗教的主要教義說成是「信仰的真理」。雙重真理說用在神跡問題上認為，神跡信仰雖不能用理性去加以證明，但卻應信以為真。它一方面公開把神跡說貶入信仰領域，另一個方面，又在信仰領域為神跡保留生存的餘地。

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「超理性論」的主要代表應該說是約翰‧洛克。他認為宗教信仰應該建立在理性基礎之上。宗教信仰絕不能違反理性。一個人信什麼，不信什麼，都是依照自己理性的指導。這事實上是對神跡信仰之類宗教神秘主義的否定。但與此同時，洛克又承認某些宗教信條「如死後復活」之類的超乎理性的。所謂「超理性」，意即它們雖不能為理性原則所證明，卻也並不一定違反理性，這種信仰與理性完全無關：

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這一類事情既然不是我們的自然能力所能發現出的，而且是超乎理性的，因此，當它們啟示給我們時，它們就成了信仰的固有物件，就如說，有一部分天使曾經背叛上帝，失掉樂土，死後要起來，複生等等事情，都不是理性所能發現的，而且它們純粹是信仰的事情，理性並與它們直接無關。

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「超理性主義」與「雙重真理說」一樣，既有反宗教神跡說的一面，又有在信仰領域內為神跡信仰保留餘地的一面。

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在認識領域內，十八世紀英國經驗派哲學家大衛‧休謨根據他的經驗主義認識論對宗教神跡說進行過系統的分析與批判，他反對神跡的主要推論有如下幾個方面。

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首先他認為，神跡是否存在，也和任何事實的存在一樣，其證明只能依賴於經驗的報導。當事實是否存在有互相衝突的兩種證據時，人們總是選擇證據較多的一方。證據越多，我們給予確信的程度就越大，對於從無例外的事件和證據，我們就視為自然法則的體現而予以最大的確信。所謂奇跡或神跡，本質上乃是違反和破壞自然法則而出現的獨特而奇異的事件，是與日常生活的齊一經驗相衝突的，可是我們的經驗卻又使我們確信自然法則和表現自然法則的齊一性經驗。因此，任河神跡都不能得到經驗的證明。

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其次，所有超自然的神跡和神怪傳聞，主要充斥於野蠻無知的民族之中。如果一個文明民族也相信和流傳此類傳奇，幾乎總是發源於其野蠻無知的祖先。隨著我們日益接近于文明時代，此類傳奇也在歷史的卷頁中相應地日漸稀少。「一個聰明的讀者，在披閱這些神異的歷史家的記述時，往往容易說，這類怪異的事情從來不曾發生於我們這個時代，這真是奇怪的。不過古往今來的人都是好撒謊的，這並不是什麼希罕事。」休謨對舊約聖經的神跡說進行了大膽的解剖：

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摩西五經並不是上帝本人的語言和證據，而只不過是世俗作家和歷史家的作品。我們將按此原則來考察。我們首先在這裏看到的是一個野蠻無知的的民族提供給我們的一部書，它是在比他們更為野蠻的年代寫的。它們沒有為一致的證據所確證，而且彷佛是各民族對其起源所作的那些荒誕的說法。在讀這部書的時候，我們發現它充滿怪異和神跡，它所敍說的世界和人類本性的狀況完全不同於現在的狀況；關於我們從那種狀況的墮落；關於人的年齡大到一千歲；關於世界為一次洪水所毀滅；關於一個民族被上帝任意選擇出來作為他所寵愛的民族，而那個民族乃是作者的同胞；關於他們借助於最為驚人的神跡而從奴役中拯救出來。我希望任何一個人把他的手放在自己的心上，並在嚴肅地思考以後宣告：他是否會認為由這樣一種證據所支持的一部書之為虛妄，會比它所敍述的神跡更為怪誕的神跡？無論如何，按照上述所定的或然性的標準，必須承認這部書是虛妄的。

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第三，休謨還從人性好奇的天生癖好論證了神跡信仰產生和流傳的心理根源。普通民眾由於好奇心的驅使，特別熱衷於相信和傳播神跡傳奇，因為神怪的傳聞會引起驚奇而又快意的情緒，故極易使人相信，人們總是如饑似渴地相信和傳播各種稀奇古怪的傳聞。宗教家則由於充當先知的虛榮心，便迎合聽眾的好奇心故意玩弄編造神跡傳奇的騙術。聽眾的輕信增加了它的厚顏，他的厚顏也征服了聽眾的輕信。在休謨看來，神跡信仰是好奇心與宗教狂的結合，無知的輕信者與厚顏的說謊人相遇。

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休謨的哲學否定了因果聯繫的客觀必然性，只承認經驗的齊一性。這不能從根本上否定神跡說。單純從經驗的齊一性出發，只能否定神跡的可證性，而不能否定神跡的可能性。因為，如果沒有因果必然性和自然法則的客觀存在，神跡就無所謂破壞自然法則了。當然，我們總得承認，儘管有嚴重的理論缺陷，但休謨對神跡的否定，在態度上仍是堅決的。他把神跡信仰歸結為輕信與欺騙的結合，與伏爾泰所謂宗教產生于傻子加上騙子的觀點完全一致，是一種反對信仰主義、蒙昧主義的啟蒙思潮。