隨著作為氏族保護者的女性祖先的崇拜，也出現了對非氏族的亡魂或死於非命或犯罪處死的氏族成員的亡魂的控制，習慣上稱為「鬼魂崇拜」。另外，在祖先崇拜不發展的一些民族內，本氏族的亡靈常視為不保佑後代的祟禍而加以控制，也可歸入此類。

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鬼魂崇拜在我國新石器時代的墓葬遺址上有明顯反映。例如，屬於仰紹文化的西安半坡氏族墓葬，除了絕大部分頭向朝西(故土方向)外，還有少數朝北、朝東、朝南，而朝北的多為俯身葬，且無隨葬品，還有屈肢葬的，且是斷肢折骨。按照半坡葬俗仰身直肢頭朝西是正常葬式，這些特殊葬式的死者應屬於不能同歸氏族祖宗故土的鬼魂，他們或是本氏族的凶死者、犯罪處死者、夭折者，或是外氏族、敵對氏族的死者。從民族學資料來看，這些亡魂都視作凶魂、禍祟，故在葬式上特殊安排以圖控制。如澳大利亞庫爾奈部落、西伯利亞埃文克人、我國的怒族等都把敵對氏族部落的亡魂視作本氏族部落的災禍，因而屬於控制驅趕的物件。在某些民族的同一氏族內，祖靈與某些鬼魂也有嚴格區分者。如彝族認為不能歸氏族故地與祖宗團聚永生的亡魂即變為「鬼」，遊蕩人間，危害人畜，所以把他們與自然魔鬼歸為一類，成為控制驅趕的對象。如他們把患麻瘋病而死的視作為與麻瘋鬼(「粗」鬼)同類的病魔，在驅麻瘋鬼儀式「粗尼木」上，要首先為之招魂，使脫離鬼魔狀態而重新成為「亡靈」，然後在舉行送魂儀式使歸故土而成為「祖靈」，如招魂失敗，即和麻瘋鬼一起驅殺。這就是「祖先」與「鬼魂」的界限。由於彝族認為祖宗最愛護後代並有力地保護後代，所以特別重視送魂儀式，成為子孫對父祖的最大義務，也是社會最高道德規範。