與早期祖先崇拜相伴而生的是早期自然崇拜，包括精靈崇拜、靈物崇拜、魔力崇拜等主要形式，其中以精靈崇拜為中心。

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如果說圖騰崇拜觀念中人和自然的靈魂還渾然一體，則到此時，二者已有了比較明確的區分，形成了各自獨立的個體靈魂。如越過圖騰崇拜階段的美拉尼亞人，把靈魂分為三種，一是活人魂(「阿泰」)，二是死人魂──亡靈(「塔馬特」)，三是自然精靈。我國佤族稱活人魂為「寬」，死人魂為「格姆昂」，自然精靈為「斯艾」。獨龍族稱活人魂為「蔔拉」，死人魂為「阿細」，自然精靈為「卜郎」。景頗族稱人魂為「南拉」(包括生魂和亡靈)，稱自然精靈為「拿」。哈尼族稱人魂(包括生魂和亡靈)為「尤哈」，稱自然精靈為「尼哈」。僳僳族稱人魂(包括生死二者)為「尼」，稱自然精靈為「稠哈」。總之，人和自然的區分已相當明顯了。

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精靈崇拜是與女性祖先崇拜相對應的自然崇拜形式之一。所謂「精靈」是指人格化的超自然力。精靈是按照祖靈的模式推衍出來的。像祖靈那樣，具有人般的意志、感情和欲望，以自然界的事物和力量為崇拜物件，如山之精靈就以山為代表，河之精靈以河為代表，雖有人格，但還沒有人形化的形象，總是和具體的自然事物和力量相聯繫，人們所崇拜的是它們的自然屬性，是自然事物和力量背後隱隱莫測的靈體，是超自然力的初級形態之一，故通稱為精靈。

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由於此時期農業和畜牧業的發展，使山林、土地、日月、風雨、河湖、蟲獸等與生產有關的自然物和自發力都成了主要崇拜對象。例如直到解放初期還保留著母系家庭公社的拉祜族，他們信仰的「神鬼」一般通稱為「尼」，即「精靈」，漢語俗稱「鬼」，有「厄沙」(天公鬼)、「厄馬」(地母鬼)、「厄尼」(水鬼)、「哈尼」(石鬼)、拔尼(龍鬼)、「厄簡尼」(箐穀鬼)、「米比尼」(倒山鬼)、「牟厚尼」(風鬼)、「牟哈西厄尼」(虹鬼)、「迷拜尼」(火塘鬼)、「厄交尼」(路鬼)、「穀尼」(穀鬼)、「夏尼」(獵鬼)等以上這些精靈實質上都是自然異己力量的人格化。