一切宗教所崇拜的神靈都是超自然、超人間的實體，他(他們)統治者宇宙中的各種事物。一神宗教把眾多神靈的全部神性和權能集中到唯一無二的上帝之手，上帝的威德和權能於是便膨脹到無限之大，成了全宇宙支配一切，操縱一切的主宰。這樣一來，宇宙的一切現象，大而至於天地的創造，小而至於一隻豆莢長幾粒豆，都被說成是上帝的決定和安排。基督教的《聖經》說什麼沒有上帝的旨意，一根頭髮都掉不下來。奥古斯丁把這種說教發展為上帝的天命決定一切的命定論。伊斯蘭教神學更是極端，宣稱真主阿拉「周知宇宙一切事物，無論是現在的，或過去的，或未來的，無所不知」，「宇宙間的一切有始的事物都是造物主藉自己的能力，依自己的知覺而創造的。」物體的一切特性均是阿拉的創造與安排，並非物體固有的屬性，也無自然的因果。按照基督教和伊斯蘭教的上述教義，世界一切事物和現象及其性質，都是由上帝的意志所決定的，根本不存在自然的因果和規律。大體上可以說，在近代科學發展起來之前，普天之下耽迷於宗教的善男信女都是受這種神學世界觀所控制的。

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在歐洲中世紀基督教經院神學中，這種神學世界觀採取了一種特殊的哲學儀式。神學家們先後受柏拉圖的「理念論」，亞理士多德的「形式質料說」和新柏拉圖主義的「流溢說」的影響，把它們與上帝決定一切的神學信條結合起來，形成了一套頗有特色的說明世界現象的理論模式。他們認為世界上一切現象，各種事物的性質，都是上帝按照其思想中的「理念」或「形式」創造出來的。因此，這些理念或形式也就是一切事物的「原型」或「模式」。如果人們想要追溯事物何以具有具有構成其特性的性質，只要把他們說成是上帝按照其理念的原型創造而出就行了。也就是說，事物之所以具有如此這般的性質，表現為如此這般的現象，原因在於它們「分有」作為其原型的理念或形式。桌子之所以是桌子，原因在於它分有桌子的「理念」，紅花之所以是紅的，根源於它分有紅的「形式」。理念和形式是決定事物之外在性質的「隱秘性質」。我們可把這種理論稱之為「隱秘性質說」。隱秘性質說是歐洲中世紀經院神學理解和說明世界的基本思維模式，直到牛頓時代仍在自然科學領域保有其強大的影響。牛頓的門徒科茨在其為牛頓的《自然哲學的數學原理》一書第二版寫的序言中談到過這一情況：「有些人把一些特殊面隱蔽的性質歸屬於不同種類的物體：根據他們的看法，一些特定的物體的現象是按照某種不知其所以然的方式進行的。淵源於亞理士多德和消遙學派的各種經院學派，它們各種學說的總合，就是以這個原則為基礎的。他們斷定，物體的各種作用是由這些物體的特殊性質所引起的。隱秘性質說本質上是上帝創世論的一個變種。在自然觀上，它用一種隱秘的性質說明自然事物的現象和性質，完全是一種同語反復的廢話。用這種方式解釋自然，除了增添一個更加神秘、更難理解的隱秘性質以外，不可能使我們對自然界的認識前進一步。相反，它必然會把我們導向超自然領域，從上帝心中的理引出一切自然現象和性質的根據和原理。

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顯而易見，上述上帝安排一切的天命論，上帝創造萬物的創世說和隱秘性質說是自然科學的對立物。整個中世紀時期，自然科學之所以長期處於停滯狀態，與諸如此類的神學世界觀的氾濫流行有著密切的關係。因此，對它們的批判與否定是近代實驗科學發展的前提和條件。

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問題在於，既然自然界的一切現象，自然物的一切屬性不是從上帝那裏出生，不是出自上帝天命的安排，在上帝那裏沒有什麼隱秘的性質(理式)作為它們的原型，那末，它們的原因和根據何在？自然事物何以能產生和消滅，變化和發展？一種事物何以具有此種性能，另一種事物又何以具有彼種性能？要想在對這些問題的回答中排除上帝和天命的作用，就得在消除神學自然觀的同時，對自然事物進行具體的科學研究，這就導致近代實驗科學的興起和發展。

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十七世紀首先在歐洲興起的近代實驗科學主要是以機械力學為中心的物理學和從煉金術中脫胎而出的化學。實驗科學的根本特點是用科學實驗的方式排除次要的，非本質的因素，孤立並再現自然過程中的本質聯繫，藉以探索那決定自然過程的因果關係和自然規律，發現它們之間的準確的數量關係，並力圖用數學方程式予以表述。就像刻蔔勒發現天體運動的力學規律一樣，新興實驗科學也要求發現普通自然物進行物理運動和化學變化時的力學規律。在實驗科學的發展過程中，科學家們因此而逐漸培養起一種思想方式和說明方式(自然觀)，要求用數學和機械力學的規律對整個自然界作統一的說明，把物質的一切性質還原為可以用數學和力學規律去把握的物質粒子的機械結構和數量組合。這就是盛行於十七、十八世紀的機械論自然觀。這種自然觀具有深刻的無神論意識，因為它在從神聖的天體到普通的自然物的整個自然界中排除了上帝安排一切的天命神學和神秘主義的隱秘性質說。近代實驗科學的奠基和機械自然觀的主要代表人物，在物理學中是伽裏略的笛卡爾，在化學中是波義耳。伽裏略和笛卡爾強烈反對神秘主義的隱秘性質說。伽裏略認為，為了說明一種自然現象而假定某種相應的隱秘的質作為根據，絕對不能說明任何問題，因為這些隱秘的性質究竟是什麼東西，更待說明。笛卡爾指出：「我們不應該在解釋這些事物時，杜撰一些莫名其妙的新奇事物，如元質(first matter)、實體的形式(substantial forms)以及許多人所愛假設的好些性質。因為這些性質和我們所實在知覺的事物並無關係，而且它們本身比它們所要解釋的那些事物還要難懂。」伽裏略和笛卡爾都認為自然物體本身所固有的「質」，只有兩種：一是對空間的佔有(廣延性)，一是進行運動。一切物體都是物質微粒(原子或分子)組成的，由於物質微粒有不同的形狀、大小(廣延性)，它們組成物體時又有不同的數量和空間排列，又有快慢不等的運動，於是就產生出自然物的各種不同的性質，構成千變萬化的世界。他們用這種機械論的自然觀去說明各種物理現象，把物理學變成一門真正的實驗科學。波義耳把這種自然觀應用於化學研究之中，把元素的一切物理性質和化學性質也歸結為物質分子的機械組合和空間排列，奠定了近代化學的基礎。偉大的牛頓繼承和發展了這種自然觀，用以說明聲光電磁等各種現象，在各種領域都取得了重大的成果。同時，他又研究自然物體的規律和和自然物體之間互相作用的規律，發現了三條普遍性的規律，這就使得整個自然界的一切現象都被納入牛頓力學的範圍。自然界的一切運動，一切變化都服從於自然規律的支配，都有其數學的必然性，都因此而得到合乎規律、合於理性的說明。不僅在天體運動範圍內，而且在一切普通自然物的範圍之內，都沒有任何超自然的力量，上帝和神靈對於自然物的主宰作用基本上被近代實驗科學清洗出去了。近代實驗科學具有鮮明而深刻的無神論意識，它直接導致哲學和宗教觀上的無神論。這就是：十七世紀以霍布斯為代表的機械唯物主義無神論，十七世紀到十八世紀遍及整個歐洲的自然神論，一直發展為十八世紀法國的戰鬥無神論和十九世紀德國的費爾巴哈人本主義無神論。

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十九世紀，由於電子的發現，十七、十八世紀的機械論物質觀受到了衝擊。現代物理學的一系列重大發現，從宏觀到微觀，從大宇宙到小宇宙，使我們對物質的認識進入到了新的層次。這既不意味著機械論自然觀的否定，也不意味著它所具有的無神論價值發生動搖。相反，現代物理學用更豐富的科學事實，在更深的層次上一再證明物質的一切屬性都決定於物質微粒在結構為物時的數量組合和空間排列。這種說明方式已從物理學擴展到生物學、遺傳學，建立了分子生物學和分子遺傳學。近年來，又進一步擴展到與大腦相聯繫的精神科學。一當這種自然觀進到一個新的領域，原來佔據那個領域的超自然勢力就被自然科學驅逐出去。十七世紀以來，近代實驗科學所開始的這個從自然界各領域中清除上帝主宰作用的進程仍在繼續，它的勢頭是不可阻礙的。