一九四八年，門諾會中央委員會，應前臺灣神學院院長孫雅各牧師之邀，差派數字醫生、護士和志願工作人員來台從事山地醫療和救濟山胞的工作，並成立「基督教門諾會山地醫療團」在臺灣全省山地展開醫療傳道工作，及至薄柔爛醫師來台，乃於一九五五年正式在花蓮設立基督教門諾醫院，進一步從事醫療傳道工作。

由於醫療傳道工作的進展，門諾會中央委員會乃請門諾會海外宣道會，考慮在臺灣繼續擴展宣教事工，經門諾會海外宣道會派員來台考察研究後，肯定在台開設新宣教區的需要，遂於一九五五年差派第一位宣教師宋大衛牧師來台從事宣道事工，當年，第一間門諾教會──台中林森路教會成立，以後，門諾教會陸續在台中，臺北和花蓮設立，至二○○○年，共有十八間。

信仰與教義

門諾會信徒相信「教會是由一群真正悔改，相信耶穌的信徒所組成。」所以他們的生活要「聖潔」，「分別為聖」簡單樸素、心靈坦誠，他們以弟兄姐妹之情彼此相愛，在一切與人的關係上，持守和平、仁愛和不抵抗，主張廢止戰爭、暴力並一切置人於死之事。

依據門諾會總會的教義宣言，信仰如下：
◎ 上帝是全能的父，創造天地萬物之主。

◎ 堅信基督完全神性人性的教義，承認基督耶穌為主為救主，是我們信仰唯一的根基。

◎ 聖靈是我們的保惠師也是引導者。

◎ 聖經的原則和教訓，是信仰及生活唯一有權威的準則。

◎ 得救是本乎恩，也因著信基督。而重生是信徒于基督裏所得著新生命的體驗。

◎ 洗禮當施行於承認耶穌基督為主為救主和信仰告白的人。

◎ 定期遵守聖餐，以紀念基督的受難及死。

◎ 遵照聖經的教訓，糾正犯過的信徒，挽回他與教會有正常的交誼。

◎ 信從聖經關於誠實的教訓，不可起誓。

◎ 基於愛的表現，就是基督及初期教會所教訓，實行聖經所載的「無抵抗行為」。

◎ 忠誠管理受主所托的生活與產業。