臺灣基督長老教會是在一八六五年六月十六日，由英國籍宣教師馬雅各醫師在台南市開設醫院從事醫療傳道開始。這也是臺灣第一次接觸到西方醫學，並驚奇於西方醫學與傳統中醫的不同。

一八七二年三月七日，加拿大籍長老教會宣教師馬偕牧師開始在臺北淡水傳教，奠定臺灣北部宣教的基業。

由美、加來的宣教師愈來愈多，教勢拓展甚速。由台南府為中心，發展到台東，西部則北至彰化一帶。皈依基督教民眾日漸增多，特別是平埔族同胞最為踴躍。

在北部的馬偕牧師則借著他所學的一些醫學常識，從事「牙醫醫療傳道」的工作。他借著替人拔牙，使他在傳教工作上暢順甚多。在他廿九年宣教時間裏，至少拔過四萬顆牙齒。終其廿九年傳教工作，成績相當可觀，僅在第一個十年裏就建立了廿間教堂，接受三百名信徒受洗。第二個十年裏，他創立牛津學堂（今天的臺灣神學院前身）訓練幹部，並將宣教工作推展到蘭陽地區，並延至花蓮。直到一九○一年六月二日他五十八歲去世時，已建立六十所教堂。

長老教會在臺灣的宣教，除了透過醫療配合傳教工作外，也同時以教育來啟蒙臺灣人民對世界的認知並提升信仰品質；在南部創辦長榮中學、女中，在北部辦淡江中學，對臺灣社會之現代教育貢獻甚大。同時分別在南、北部設立台南、臺灣神學院，培育本地人參與宣教工作。

來臺灣南部的宣教師多屬英國長老會，在北部的則多屬加拿大長老教會，因為同屬長老教會而有合併之議。雙方差會代表與臺灣本地教會代表乃決議，在一九五一年三月七日合併成立「臺灣基督長老教會總會」。隨即加入普世基督教會協會和世界歸正教會聯盟。

信仰精神

◎ 一切榮耀歸於上帝：長老教會告白上帝的絕對主權，在人生的一切活動範圍內，將上帝的主權歸給上帝。我們相信一切發生的事，都是為了完成上帝的神聖目的，我們的一切生活，動作都存在於上帝美善的旨意中。

◎ 重視聖經對現實生活意義：長老教會不但高舉聖經的權威，更重視聖經對現實生活的意義。長老會所屬的神學院及教會都非常重視聖經的原文釋意及神學解釋，並視講道為崇拜中最重要的工作。其目的就是著重如何將聖經──上帝的話──真理闡明出來，作為信徒現實生活的依據。

◎ 民主共和：長老教會告白「上帝的主權」、「基督為教會唯一的元首」，因而排斥任何在教會組織上或政策制度上的人為獨裁；另一方面本著「萬民皆祭司」的信仰傳統，主張全體信徒對教會行政權的共同參與。

◎ 焚而不毀：長老教會告白「基督是教會唯一的元首」，並肯定上帝在一切事務上的主權，因此在任何苦難或被迫害的困境中都能維持堅定不移的信仰，勇敢地為爭取宗教自由而奮鬥。我臺灣基督長老教會，在一百二十年的宣教歷史中歷經暴民攻擊騷擾、教堂被毀、信徒被迫害侮辱、信仰立場被誤解等悲慘事件，郤仍然堅忍不移、持守信仰、獻身社會、認同民眾，在這塊土地上勇敢地告白基督是主，正是這種精神的崇高表現。