印尼在歷史上深受印度文化的影響。早在西元初，隨著印度與印尼之間的商貿往來，印度教就傳到這裏，並得到很大的發展。印尼歷史上三個最古老的王國，即3—6世紀的古泰王國（在今天的加里曼丹）、4—6世紀的多羅摩王國（在今天爪哇島茂物附近）和訶陵王國（在今天爪哇），都是印度人所建，皆奉印度教為國教。古泰和多羅摩王國遺留下來的碑文使用的都是印度梵語，文字是缽羅婆字母，石碑上刻有笈多王朝時期流行的印度教神像，如濕婆神、象頭神、神牛等，碑文上有國王賜予婆羅門黃金、土地的記載。 西元414年，我國東晉高僧法顯赴印度取經歸來，途經耶婆提國（今爪哇）時，他看到那裏的居民崇信印度教。他在《法顯傳》裏寫道：當地“外道婆羅門盛行，佛法不足言”。

7世紀，在蘇門答臘建立的室利佛逝王國，主要信仰佛教，並且建造了舉世聞名的婆羅浮屠佛塔。但是，就是在這裏，也流行著印度教的信仰，一些人曾把印度教經典《摩訶婆羅多》的一部分，譯成爪哇散文，從而成為印尼最早的散文。

9世紀，爪哇地區信奉印度教的勢力再度興起。在爪哇中部建立的馬打蘭王國，有四位國王崇信濕婆教。其中一個國王，在巴蘭巴南建築了一群供奉濕婆的神廟，歷時數十年，約有250座神廟，是印尼也是東南亞最大的印度教寺廟群 。這些建築物氣勢宏偉、工藝精良、其工程和藝術價值，都不下於婆羅浮屠。

13世紀末，伊斯蘭教開始傳入印尼，到14世紀中期，已盛行於印尼各群島。從那時起，印度教和佛教的影響逐漸衰落。

現在，印尼87%的人口都信仰伊斯蘭教。只有居住在巴厘島和龍目島上的巴厘人信奉印度教，另有在爪哇島上的兩個少數民族信奉印度教與佛教的混合宗教，總數約200多萬。