道教理論駁雜，論其深微不如佛教，論其致用不如儒術，然而它在兩晉南北朝期間仍得到長足的發展，成為三大社會思潮之一。究其原因，一者，煉丹成仙的宗旨迎合了貴族的精神需要，保身隱居的生活方式受到厭世士人的歡迎，符籙齋醮的消災治病方法及互助共濟的道規對苦難中的民眾有一定吸引力；二者，它利用老莊之學形成一般迷信所無的神學體系，又與儒學結成的思想聯盟，維護綱常名教，取得封建統治者的信任；三者，它的養生論與醫學均有科學成分與實用價值，它又能包容各種思想資料，形成內容豐富的文化系統，因而受到重視。

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西晉道士王浮著《老子化胡經》，增益老子入夷狄為浮屠的傳說，成為後來道士批評佛教的理論依據。上清諸經之一部《黃庭經》，是道教內丹派修道之書，它發揮古道書中人身臟腑有主神之說，結合古醫書關於臟腑的理論，闡述積精累氣、健身長生的道理和方法，成為內丹學的經典著作。兩晉之交道士葛洪著《抱朴子》，其內篇集以往神仙外丹理論之大成，標誌著上層道教已有了自己獨立的神學理論。他系統論證了神仙必有、長生可致的教旨，並說明學道雖然多途，而最要者一為修德守禮：「欲求仙者要以忠孝和順仁信為本。」(《對俗》)二為服用金丹上藥：「升仙之要在神丹也。」(《金丹》)其次輔之以清心寡慾、房中術、吐納行氣和草木藥餌。葛洪取老抑莊，特別攻擊張角等代表的民間道教，表明了丹鼎派道教捍衛封建制度的政治立場。葛洪對漢魏政治有許多批判，對社會改革提出一系列建議。他的學說除宗教內容外，在宇宙學、歷史觀、古代化學、醫藥學等方面，包含著若干有價值的科學內容。

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東晉時五斗米道傳入內地和沿海，並從民間發展到上層士族。名門大族如郗氏、王氏、殷氏等，皆世代信奉。晉末有孫恩、盧循利用五斗米道反叛晉廷的事件。南朝劉宋道士陸修靜，「祖述三張，弘衍二葛」，將丹鼎派與符籙派集於一身。他依據封建宗法思想與制度，制定新的道教齋戒儀範，世稱南天師道。又因其弘揚《靈寶經》，後人稱其教派為靈寶派。陸修靜著《三洞經書目錄》，將道書按洞真、洞玄、洞神三部分類整理，奠定了以後《道藏》三洞四輔的體例基礎。齊梁道士陶弘景，為梁武帝所信賴，隱居茅山而顧問國事，時人稱「山中宰相」。他上承老莊、上清經及葛洪，以存神服氣為主要修行方法，輔以誦經、功德，不甚重符籙齋醮。著有《真誥》、《真靈位業圖》、《登真隱訣》等書，宣揚上清派理論與道術，編造等級森嚴的新的神仙譜系。他援儒、佛兩家入道教，主張三教合流，說「百法分湊，無越三教之境」，晚年自誓受佛教五大戒。

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北魏道士寇謙之少修張魯之術，後人嵩岳修煉，假托太上老君神旨，繼承張天師職位，造作《雲中音誦新科之誡》，聲稱要「清整道教，除去三張偽法，租米錢稅，及男女合氣之術。大道清虛，豈有斯事。專以禮度為首，而加之以服食閉練。」(《魏書‧釋老誌》)又托老君玄孫李譜文名義，受真師、鬼師、民師、天師四錄，作《錄圖真經》，以輔佐太平真君(魏太武帝年號)自任。大臣崔浩師事之。寇謙之與弟子曾在北魏京城東南郊起天師道場，制定樂章誦誡新法，魏太武帝親臨道場受符籙。寇謙之的道教稱北天師道，是改造五斗米道並吸收佛教輪回教義和佛教儀規而建成的，有一套較完整的齋醮、誦經、禮拜、祈禱儀式。

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魏晉南北朝時期有大量道書出現。《抱朴子》中列有二百八十二種。梁阮孝緒《七錄序》列道書四百二十五種，一千一百二十八卷。《隋書‧經籍志》列三百七十七部，一千二百一十六卷。