道教于宋元兩代進入巔峰時期。宋代諸帝佞道甚於佞佛。真宗時編《大宋天宮寶藏》，徽宗時編《崇甯道藏》、《政和道藏》，從此才有道教經典總集。張君房又輯要而成《雲笈七簽》，成為道教要籍。真宗上玉皇大帝聖號，奉為天界總領，賜道士張正隨為虛靜先生。徽宗自稱教主道君皇帝，上玉帝尊號為「太上開元執符禦曆含真體道昊天玉皇大帝」建玉清昭陽宮奉祀老子，置道官，立道博士員，賜道士林靈素為通真達靈先生，道士徐知常為沖虛先生。他欲揚道抑佛，改稱佛為大覺金仙，菩薩為仙人大士，僧尼稱德士，位在道士之下。

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遼金元之世，道教形成確定的教團，出現正一教與全真教兩大教派。元世祖封張道陵三十六代孫張宗演為嗣漢天師，主領江南道教，形成以符籙為主的正一教派。金代道士王重陽在山東創立全真道(教)，以煉養為主。元代全真道道士以王重陽派為北宗，張伯端(北宋道士)派為南宗，兩宗均依託王玄甫、鐘離權為祖師。北宗稱王玄甫、鐘離權、呂岩、劉操、王重陽為北五祖，南宗稱張伯端、石泰、薛道光、陳楠、白玉蟾為南五祖。北宗還稱王重陽七大弟子(馬鈺、譚處端、劉處玄、丘處機、王處一、郝大通、孫不二)為北七真。丘處機世稱長春真人，受到成吉思汗隆遇，賜號「神仙」，爵「大宗師」，掌管天下道教。

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全真道融攝佛儒，高唱三教歸一。王重陽不獨奉道經，亦勸誦《般若心經》、《孝經》。丘處機說：「儒釋道源三教祖，由來千聖古今同」(《磻溪集》)。元初道士李道純說：「引儒釋之理證道，使學者知三教本一」(《三天易髓》)。全真道是內丹派與禪宗、理學相結合的產物，它以明心見性、養氣煉丹，含恥忍辱為內修之真功，以傳道濟世為外修的真行，功行雙修，以期成仙證真，故謂之全真。唐宋以來，外丹多次失敗，內丹與養性說的地位上升。全真道一方面破斥肉體，否定人性，追求精神解脫，向佛教靠近；另一方面又講天命之性，強調善行道德，向儒家靠近。王重陽明確否定肉體長生，而以本無生滅的「真性」為解脫成仙之本。「真性」空淨永恆，又稱「真心」、「元神」、「天命之性」、「道心」，只要思想上修煉到清淨虛寂，無所掛累的狀態，即是成仙得道。但又與禪宗有別，它以神為性，以氣為命，要求見性與養氣結合，煉精化氣，煉神還虛，煉虛合道。煉就的「陽神」，形象同於本人，升天為天仙。因此全真道仍不離道教本色。