我們雖然說宗教並不必然有意識地去進行或者決定社會政治鬥爭，但卻不能否認社會政治狀況必然會影響宗教觀念的轉變和宗教徒的社會政治觀點，也不否認宗教同社會政治會發生相互的作用。一方面，冷酷無情的羅馬社會現實使得棄世禁欲、平等博愛和追求天國的思想進入了基督教；另一方面，基督教的鄙夷現實和禁拜被奉為神的皇帝偶像，又被統治階級目為「反人類」和「不合作」。所以從西元一世紀到四世紀，對基督教的迫害時有發生，從零星分散的迫害發展為全國性的，官方操縱的大規模迫害。但是適應當時社會需要的基督教不但未被消滅，反而勢不可擋地給自己開闢前進的道路，在此期間，基督教在組織制度上趨於定型，形成了古代公教會和主教、長老、執事三級教職制，崇拜儀式和聖禮也逐步程式化，最後編定了《新約聖經》正典，產生了一批「教父著作」和「護教著作」，有錢人、知識份子以及統治階層人士入教者也愈益增多，並逐步控制了教會領導權。帝國當局發現，對於這麼一支巨大的社會力量，既不可能用暴力消滅，還不如採取懷柔政策使之合法化，利用它作為勸誘群眾馴服的工具。西元三一三年，羅馬帝國西部皇帝君士坦丁和東部皇帝李錫尼在米蘭會見，聯合發表「寬容敕令」(史稱「米蘭敕令」)，宣佈所有宗教同享自由，不受歧視。從此基督教成為官方認可的合法宗教，並得以收回教產。君士坦丁在戰勝李錫尼後，更進一步扶植利用基督教。於三二五年召集基督教「普世主教大會」，確定正統教義，這就是著名的第一次尼西亞公會議，也是基督教歷史上的第一次「公會議」。以後直到七八七年第二次尼西亞公會議，在帝國東部共開了七次「公會議」，都由羅馬皇帝召集。從此東部教會的歷史同拜占庭帝國的政治和宮廷鬥爭結下了不解之緣。三九二年，狄奧多西一世以羅馬帝國名義正式宣佈基督教為國教，基督教終於成為占統治地位的意識形態。

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羅馬帝國東西兩部分在政治、社會、語言和文化傳統等方面的差異，反映到意識形態領域內，就是基督教逐漸形成的東西兩大派。東部的希臘教會(以其傳佈於馬其頓、希臘半島至埃及一線和以東的希臘語通行地區而得名，以君士坦丁堡教會為中心)在很大程度上依附於國家政權(東羅馬皇帝查士丁尼一世也曾自封為教會元首)，當局時常干預教義的審定和教會的人事組織事務，並把不同意正統教義的異端派別驅逐至帝國邊陲地區。其中有阿裏烏派、阿波利拿裏派、優迪克派、一志派和聶斯脫利派(七世紀經波斯傳入中國，稱為景教)等等。這同東羅馬帝國長達一千年的統一局面和專制政治很有關係。西部的拉丁教會(以其傳佈于高盧、義大利到北非迦太基一線和以西的拉丁語通行地區而得名，以羅馬教會為中心)則獨立於世俗政權，甚至干預世俗事務(羅馬主教利奧一世曾代表羅馬向入侵的匈奴王阿提拉媾和，格列高利一世在倫巴德入侵擾義大利時，曾在羅馬城建立政教合一的統治)，大大提高了羅馬主教的權威。羅馬主教宣稱其職位乃自耶穌大弟子彼得繼承而來，故應列于其他主教之上，為教皇制的確立提出了理論依據。這同西羅馬帝國在蠻族入侵下衰亡，西歐在政治上四分五裂的狀況很有關係。在神學思想上，東部教會受希臘哲學傳統影響，較重視具有玄學傾向的三一論和基督論等神學爭論，西部教會受羅馬法學傳統影響，此時爭論的主要是罪惡和意志自由等問題。東部教會爭論的結果，產生了主張上帝三位一體和基督教人二性的「尼西亞‧君士坦丁堡信經」和「卡爾西歐信式」，作為這兩項教義的正統標準。在西部，奥古斯丁主義戰勝了貝拉基主義，奥古斯丁的「原罪論」、「恩寵論」和「預定論」對後世西方正統神學產生了深遠的影響，他的《上帝之城》更為中世紀西歐的教權至上主義提供了理論根據。另一位拉丁教父哲羅姆整理和重譯了《聖經》拉丁文本，即後世通行的法定「通俗本聖經」(Vulgate)。教會的組織、修院制度和崇拜儀式也在格列高利一世統治下進行了改革和整頓。隨著羅馬教皇在西部教會的地位日益提高，東部教會在東羅馬皇帝支持下同羅馬教會的對峙也漸成定局，最後終於導致了一○五四年東西教會的正式分裂。