四七六年西羅馬帝國滅亡後，蠻族國家中最大的法蘭克王國國王克羅維於四九六年皈依基督教。為了利用基督教作為統治和擴張的工具，他收買拉攏當時西方世界唯一有文化的階層──教士，使教會擁有了大量土地，得到了迅速發展。隨著法蘭克王國的武力擴張，基督教傳播到西歐的廣大地區。東正教在東羅馬帝國支持下也逐步傳入歐洲。這一過程同歐洲的封建化過程是一致的，因為此時的教會採用了與封建等級制度相適應的教階體制，並採用封建方式經營土地，成了封建制度的重要支柱。上層教士不但從思想上為封建秩序進行論證和辯護，而且本身以成為封建主階級的重要組成部分。

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八世紀中葉，法蘭克國王矮子不平為報答教皇撒迦利亞的支持，將拉文那到羅馬的大片土地贈與教皇，由此開創存在了一千餘年的教皇國，標誌著教皇在精神領袖的權威已延伸到世俗領域。八○○年，不平之子查理曼稱帝，教皇利奧三世為其加冕，由此發端的帝王由教皇加冕的儀式，則是「君權神授」說的具體象徵。後來教會又根據《偽伊西多爾教令集》，宣稱教皇權力高於帝王，反對世俗政權控制教會。十一世紀末葉，由於教皇格列高利七世與德皇亨利四世的「授職權之爭」，教權與世俗政權之間方爭奪達到白熱階段。經過二百多年激烈複雜的鬥爭，到十三世紀教皇英諾森三世在位期間，教皇權勢達于頂點，當時不少國王都向教皇稱臣納貢。在教皇卜尼法斯八世與法王腓力四世鬥爭失敗後，教皇權力逐漸下降，教廷從一三○八年起被迫遷往法國阿維農村，史稱「阿維農之囚」。一三七八年教廷遷回羅馬之後，由於親法派和親意派之間的矛盾，出現兩個教皇並立的局面。一四○九年甚至出現三個教皇鼎立，他們互相攻訐，自稱正統。直到一四一七年選出馬丁五世，才結束了長達四十年的「天主教會大分裂」。但是教皇的世俗權威已大大下降了。中世紀天主教之成為「歐洲封建制度的巨大國際中心」(恩格斯語)，是西歐社會政治多元狀況的必然結果。正如恩格斯所說：「由一群在經常變化的相互關係中發展起來的民族組成的西歐世界，是通過天主教聯合起來的。這種神學上的聯合不只是觀念上的。它不僅實際體現在這種聯合的君主制中心即教皇身上，而且首先體現按封建和等級制原則組織起來的教會中」。另一方面，天主教會同世俗政權的抗衡，又阻礙的西歐的政治統一，抑制了王權的專制程度，促成了這種多元狀態，這對西歐社會以後的發展產生了深遠影響。事實上，中古後期教廷權勢的衰落也同西歐各國民族主義的興起、國家統一的要求和專制王權的加強有著密切的關係。天主教會的這段歷史，和同一時期東正教會在統一帝國下依附於世俗政權的歷史，都可以從社會歷史條件得到合理的解釋。

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在中世紀，相傳由埃及的安東尼首倡，發軔於三、四世紀的基督教隱修制度得到了很大發展。隱修日以苦身修行為志，脫離世俗生活，在荒野之地獨居隱修或組成隱修院集體隱修。六世紀創立的本篤修會設置了一套嚴格的規章制度，成為西部修院制的模式。修院從開荒務農發展為擁有大量地產，有的還兼營工商，聚斂財富，成為封建地主。後來又因此而渙散腐敗。十世紀出現克呂尼派改革運動，整飭和加強修院制，後期又強調教權至上。十三世紀起出現托缽修會。這一派不置恆產，修士不集中在修院內，而是到處遊乞。其中著名的有方濟各會、多明我會、加爾默羅會、奧斯定會等。它們都有嚴格會規，必在各處設立分支組織。東正教會比較完善的修院會規始于大巴西勒，修院制度比較單一，不似天主教分門別派。

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在基督教世界，修院曾經壟斷整個社會文化教育事業，對青年人進行以基督教為核心的「七藝」教育。由於古代文獻資料多保存于其中，修院成為中世紀西方學術活動的中心，這也是中世紀西方的科學家、哲學家等學者多是修士的原因。中世紀以聖經和教文著作為憑藉而發展起來的神學哲學體系，也因此被稱為經院哲學。基督教神學吸收古希臘哲學為論證信仰服務，九至十二世紀以柏拉圖主義占主導地位，十三到十四世紀則以亞里斯多德體系為主。十三世紀多明我會的湯瑪斯，阿奎那是經院哲學的集大成者，他的理論後來成為天主教的官方神學。在經院哲學的末期，有鄧斯‧司各脫與湯瑪斯相對立，而威廉‧奧卡姆則對教皇世俗權力進行了批判。從隱修制的興起可以明顯地看到宗教的出世性質，但修院的腐化又表明它並不能脫離世俗的社會，這種矛盾也表現在經院哲學的理論發展當中。

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中世紀教會參與政治最鮮明的例證是十字軍戰爭。這場戰爭本來具有世俗的性質，它是西歐封建領主和商人為掠奪財富和打通東方商路而進行的侵略戰爭，但卻披上了宗教的外衣，由教皇烏爾班二世以收復聖地為號召而發動，戰爭給西歐和中東人民帶來了巨大的災難，教皇向東擴張的野心並未實現，反而使教會的威信大為降低，社會矛盾更加激化。

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中世紀西歐的社會矛盾往往曲折地反映在異端教派運動裏。所謂異端是神學觀點與占統各地位的正統理論相左，受到當時教會與世俗當局排斥的派別。正統則以教廷所規定的信條或公會議的決議為標準。中世紀時，在貧苦農民、城市平民和新興市民中不斷興起異端派別，其中影響較大的有鮑格米勒派、阿爾比派、韋爾多派等等。以後更有宗教改革的先驅威克裏夫派和胡斯派等。他們往往反對教廷當局。而教廷則利用新成立的多明我會和方濟各會組織異端法庭對之進行迫害，有時還發動十字軍進行軍事討伐。這一方面反映出封建統治階級利用教會進行思想箝制，另一方面也反映出被統治階級利用宗教進行反抗。而後一現象正是前一現象的必然結果。